「1時間遅刻して1時間残業した場合、割増賃金はどうなるか」
ご質問のケースは、1時間遅刻して、1時間残業しているので、いわば1時間が相殺されることになります。結果的には実働8時間のままであり、残業手当はつかないことになります。（ただし、就業規則によっては、始業時刻前・終業時刻後の勤務に対し、実働時間にかかわらず手当をつけるよう規定していることもあります。）
出典：http://www.gourmetcaree-tokyo.com/contents/qa/1/2811.html
この場合は相殺されて残業手当はつかないんですね。これには納得ではないでしょうか。
「お店のミスで休業となった場合の賃金」
ご質問のケースでは、その日の賃金100％を請求できる可能性があります。
あなたに何の落ち度もなく、お店のミスによる休業ですので、本来働いたらもらえるはずだった賃金100％を請求できると考えられます。
出典：http://www.gourmetcaree-tokyo.com/contents/qa/1/2372.html
この場合は100％請求できる可能性があるのですね。お店のミスで本来もらえるはずの賃金がなくなるのは困りますよね。
「遅刻欠勤等による賃金カットの額に制限はないか」
遅刻や欠勤等の不就労に対する賃金カットに上限はありませんので、法律違反とはなりません。遅刻・早退・欠勤等により、労働を提供しなかった時間については、賃金は支払われないのが原則です。このことを、「ノーワーク・ノーペイの原則」といいます。
出典：http://www.gourmetcaree-tokyo.com/contents/qa/1/2161.html
制裁による減給ではないので、制限はないのですね。遅刻や欠勤によって給与からマイナスになるのは仕方ないですよね。
「遅延証明書を提出した場合の遅刻の取り扱いについて」
労働とは、労働者が”労働を提供すること“、使用者（企業側）がその労働に対する”賃金を支払うこと“ を基本的な義務内容とする契約です。厳しい表現かもしれませんが、電車が遅れたからといって、遅刻をする権利が発生するわけではありません。理由はどうあれ、遅刻によって提供されなかった時間分の労働に対する賃金を使用者は支払う義務はないということになります。
出典：http://www.gourmetcaree-tokyo.com/contents/qa/1/1121.html
「支払い義務はない」これはちょっと意外ではないでしょうか。電車遅延のことも考えて、余裕をもって出勤することが大事ですね！
